Sau khi đất nước được hoàn toàn độc lập, trong giai đoạn còn gặp nhiều khó khăn. Với địa bàn dân cư còn thưa thớt, dân số chỉ khoảng vài nghìn người. Dưới sự lãnh đạo của Đảng, Bác Hồ, chỉ đạo của ngành giáo dục, năm 1955 trường Yên Sơn đã được thành lập.

Sau khi đất nước được hoàn toàn độc lập, trong giai đoạn còn gặp nhiều khó khăn. Với địa bàn dân cư còn thưa thớt, dân số chỉ khoảng vài nghìn người. Dưới sự lãnh đạo của Đảng, Bác Hồ, chỉ đạo của ngành giáo dục, năm 1955 trường Yên Sơn đã được thành lập. Địa điểm lớp học được tổ chức tại Đình Nội thôn Nội Đông xã Yên Sơn thời điểm đó vẫn trực thuộc huyện Yên Dũng tỉnh Bắc Giang.

Ban đầu với tổng số có 1 lớp, thầy giáo phụ trách là thầy Nguyễn Văn Nguyện là Trưởng giáo (Hiệu trưởng hiện nay).

- Đếnnăm học 1956-1957 trường có 02 lớp,  thầy Trịnh Thế Vĩnh quê Bắc Ninh làm Hiệu trưởng và thầy Dương Văn Hoạch là giáo viên.

- Năm học 1957-1958 xã Yên Sơn được sáp nhập về huyên Lục Nam, trường Yên Sơn  có 03 lớp, thầy Trịnh Thế Vĩnh tiếp tục giữ chức Hiệu trưởng.

Trong quá trình xây dựng và phát triển quy mô trường lớp không ngừng phát triển cả về số lượng lẫn chất lượng. Trải qua các đời Hiệu trưởng: thầy Hà Huy Dậu, thầy Dương Văn Tộ, thầy Hán Văn Điển, thầy Hoàng Thế Lai, thầy Bùi Chuẩn, thầy DươngVăn Nhận, thầy Trương Văn Dinh. Tất cả đội ngũ các thầy đều là những điển hình cho sự tâm huyết và những cống hiến to lớn cho sự nghiệp giáo dục của Yên sơn nói riêng cũng như của ngành giáo dục huyện nhà nói chung.

- Năm học 1958-1959 có 4 lớp, thầy Hà Huy Dậu làm Hiệu trưởng.

- Năm học 1959 - 1960 đến hết năm 1963 nhà trường có 10 lớp do thầy Dương Văn Tộ làm Hiệu trưởng.

- Năm học 1963-1964 trường cấp II được thành lập gồm 02 lớp 5 tên gọi là Phổ thông nông nghiệp trực thuộc trường cấp I quản lý. Năm học sau đó 2 lớp trên thuộc về cấp II do thầy Chu Hùng Vỹ làm Hiệu trưởng.

- Từ năm 1964-1969 cơ cấu trường lớp được hình thành và phát triển lớn hơn nhiều lần, thầy Hán Văn Điển làm Hiệu trưởng.

- Năm học 1969 - 1971 thầy Hoàng Thế Lai làm Hiệu trưởng.

- Năm học 1971 -1972 thầy Bùi Chuẩn làm Hiệu trưởng.

- Từ năm học 1971-1972 đến năm học 1975-1976 thầy Dương Văn Nhận làm Hiệu trưởng.

- Năm học 1976-1977 thầy Trương Văn Dinh làm Hiệu trưởng.

- Từ năm học 1977-1978 sáp nhập 2 trường thành trường cấp I, II sau đó gọi

là trường PTCS do thầy Hà Tiện Chi làm Hiệu trưởng đầu tiên. Sau đó lần lượt các thầy Vũ Làn, thầyThân Thế Sinh, thầy Tô Hưu làm Hiệu trưởng.

- Đến năm học 1989-1990 trường được tách thành 2 trường Tiểu học và THCS hiện nay. Từ năm học 1989 -1990 đến hết năm học 1995-1996 thầy Nguyễn Duy Nguồn là Hiệu trưởng trường Tiểu học. Các thầy Nguyễn Văn Bình, thầy Dương Văn Hưng, thầyGiáp Văn Toản làm Phó hiệu trưởng. Quy mô trường lớp lúc này lớn nhất là 45 lớp với tổng số gần 1500 học sinh.

Từ khi tách trường trong giai đoạn kinh tế địa phương gặp nhiều khó khăn, phòng học thiếu thốn nhiều, học sinh chủ yếu học tại các nhà kho của các thôn trong xã. Với sự cố gắng nỗ lực của tập thể Ban giám hiệu nhà trường và đội ngũ các thầy giáo, cô giáo đã đưa nhà trường nhiều năm liền từ trường trung bình lên trường khá và 1 năm đạt tiên tiến cấp huyện. Những cá nhân tiêu biểu cho sự đóng góp đó là cô giáo Dương Thị Hà Lan, cô giáo Dương Thị Thời nhiều năm liền đạt danh hiệu giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh. Cô giáo Dương Thị Hiền, Nguyễn Thị Dần... là giáo viên giỏi cấp huyện nhiều năm liền.

- Từnăm học 1996-1997 đến hết năm học 2007-2008 thầy Giáp Văn Toản làm Hiệu trưởng. Các thầy Dương Văn Hưng, thầy Dương Quang Năng làm Phó hiệu trưởng. Trong giai đoạn này do Nhà nước làm tốt công tác kế hoạch hóa gia đình, cơ cấu lớp, học sinh giảm dần luôn ở mức trên 30 lớp với khoảng trên dưới 1000 học sinh. Trong những năm học này do có sự đổi mới, năng động, sáng tạo, nhiệt tình của Ban giám hiệu nhà trường và của đội ngũ các thầy giáo, cô giáo đã đưa nhà trường tiến bộ vượt bậc. Nhiều năm liên tục trường đạt danh hiệu tiên tiến cấp huyện, tiên tiến xuất sắc cấp tỉnh do những cố gắng nỗ lực cải thiện về cơ sở vật chất cũng như nâng cao chất lượng đại trà và chất lượng mũi nhọn đạt thứ hạng cao trong ngành đã được Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, UBND tỉnh tặng Bằng khen. Đến tháng 12 năm 2006 trường được công nhận trường đạt Chuẩn Quốc gia mức độ I.

- Từ năm học 2008-2009 đến hết năm 2012 thầy Nguyễn Văn Lọc làm Hiệu trưởng, quy mô trường luôn giữ ở số 27 - 29 lớp, số lượng học sinh luôn ở khoảng trên dưới 700 học sinh.

- Từ tháng 01 năm 2013 đến nay thầy Giáp Văn Toản tiếp tục về làm Hiệu trưởng tại trường.  Số lớp, số học sinh luôn ổn định ở mức gần 30 lớp với trên 700 học sinh.